Ernst Jansen wurde am 29. Juli 1903 in St. Annen in Dithmarschen geboren als jüngster Sohn des Pastors Johannes Jansen. Nach dem Schulbesuch des staatlichen humanistischen Gymnasiums zu Kiel von 1913 bis 1922 studierte er Philosophie und Theologie an den Universitäten Kiel, Marburg, Tübingen. Im Herbst 1928 ging er als Austauschstudent des Deutschen Akademischen Austauschdienstes auf ein Jahr nach New York, um die sozialen und wirtschaftlichen Verhältnisse in den Vereinigten Staaten zu studieren.
Im Winter 1929-1930 war er ein halbes Jahr zur praktischen Ausbildung bei der Landessuperintendentur in Ratzeburg. Nach dem Zweiten Theologischen Examen Ostern 1930 wurde er als Hilfsprediger in Kiel angestellt. Im Herbst 1931 übernahm er die Pfarrstelle in Cismar in Holstein unter gleichzeitiger Mitarbeit im dortigen Freiwilligen Arbeitsdienst. 1934 bis 1960 hatte er die Pfarrstelle an der St. Jakobikirche zu Lübeck inne. Von 1960 bis zu seiner Emeritierung 1970 bekleidete Pastor Jansen das Amt des Seniors der Lübecker Landeskirche.
Er starb am 2. Dezember 1978 in Lübeck.
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